0661fc6d31c59e5699a8964fb833e434 Folding@home是由美國史丹佛大學化學系潘德實驗室(Pande Lab)所發起的蛋白質摺疊研究計劃,特別的是它透過分散式運算的方式,將運算需求拆分為許多區塊,並交由志願者協助運算,省去了建構大型超級電腦的成本,現在這個計劃也開始真對武漢肺炎進行研究。

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大家的電腦就是超級電腦

Folding@home計劃透過電腦模擬蛋白質折疊和錯誤折疊的過程,分析阿茲海默症、亨丁頓舞蹈症、狂牛症、癌症和囊胞性纖維症等疾病的成因。

然而因為模擬需要耗費相當大量的電腦運算資源,所以研究機構往往需要斥資建置超級電腦,而Folding@home特別得地方在於它將運算需求「發包」給志願參與者,大家可以在自己的電腦安裝專用程式,並在電腦閒置時貢獻自己處理器與顯示卡的運算能力,協助完成模擬工作。

根據Folding@home官方網站所提供的資訊,研究團隊已經開始著手分析武漢肺炎解潛在靶標藥物結構,以利設計治療法法,因此呼籲民眾可以透過Folding@home貢獻電腦的運算能力,加速研究進度。

研究團隊也在近日宣佈最新進展,表示在初步品質控管與有限的測試過後,Folding@home開始針對SARS-CoV-2病毒(武漢肺炎病毒的源頭)的潛在靶標藥物進行模擬,並計劃在這波分析中瞭解病毒人體ACE2受體相互作用,以及治療性抗體或特殊分子如何干擾病毒。

▲Folding@home是由美國史丹佛大學化學系潘德實驗室所發起的蛋白質摺疊研究計劃。

Folding@home目前已開始針對SARS-CoV-2病毒的靶標藥物進行模擬。(圖片來源:Folding@home)

▲先前Sony PlayStation 3遊戲主機支援Folding@home,透過Cell處理器強大的運算能力推進研究進度,但這個功能已經在4.30版韌體更新中移除。

Folding@home動手玩

Folding@home下載位置:
https://foldingathome.org/alternative-downloads/

如果讀者也想為研究武漢肺炎盡一份力的話,可以從上方連結下載Folding@home程式,安裝後在自己的電腦上進行模擬運算。

運作時程式會先連接至史丹佛大學伺服器,下載稱為工作單元(Work Unit)的資料包,並開始在電腦上進行運算,待工作單元運算完成後將結果回傳至伺服器。簡易的操作方式可參考下方圖文說明。

安裝時建議選取手動啟動(Start Manually),在需要時再開啟程式就好。此外也可以勾選啟動螢幕保護程式(Enable Folding@home screensaver)。

程式會自動開啟簡易控制網頁,第一次啟動時會出現這個歡迎畫面,建議可以選擇Set up an identity設定個人身份。

筆者在這邊僅設定個人名稱,此外也可以加入工作群組或設定密碼。

設定完成後程式就會下載工作單元並開始運算。

程式會自動調用電腦的處理器與顯示卡進行運算。

如果想要停止運算可以點擊Stop Flding,並選擇完成工作後再停止(Finish up, then stop)或馬上停止(Stop now)。需要注意的是,直接關閉視窗並不會停止運算。

使用者可以在Windows右下角的工作匣找到Folding@home圖示,並點選右鍵開啟進階選單。

Advance Control可以顯示進階控制視窗。

Protein Viewer則可顯示目前模擬的情況。

如果讀者的電腦時常處於閒置狀態,不妨在這個防疫的關鍵時刻透過Folding@home為武漢肺炎的研究盡一份心力,並加速藥物的研發進度。

(標題圖片來源:Folding@home

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